تحت رعاية سعادة الأستاذ الدكتور حازم محمود المشنب – عميد الكلية، وريادة سعادة الأستاذة الدكتورة لبني عبد المحسن عبيد نصر – وكيل الكلية لشؤون الدراسات العليا والبحوث و في إطار تعزيز المهارات البحثية لدى منتسبى كلية العلوم – جامعة سوهاج من أعضاء هيئة التدريس والهيئة المعاونة وطلاب الدراسات العليا بمرحلتى الماجستير والدكتوراه ، تم تنظيم ورشة عمل ورشة عمل متخصصة حول الإرساء الجزيئي وتطبيقاته في اكتشاف الأدوية
“Ligand–Target Molecular Docking: From Principles to Applications”
و قد قام بالتدريب في ورشة العمل الدكتور/ على عبده محمود – أستاذ مساعد بقسم الكيمياء – كلية العلوم – جامعة سوهاج
تم خلال الورشة التعريف بالإرساء الجزيئي (Molecular Docking) و مبادئه وتطبيقاته العملية في دراسة تفاعلات الجزيئات الصغيرة (Ligands) مع الأهداف الحيوية (Biological Targets) وخاصة البروتينات باعتباره أحد الأساليب الحاسوبية المهمة في مجالات المعلوماتية الحيوية والكيمياء الحاسوبية واكتشاف وتصميم الأدوية.
و قد أوضحت ا د لبنى عبدالمحسن عبيد – ان تنفيذ ورشة العمل قد تم طبقا لنتائج تحليل استبيان الاحتياجات التدريبية لمنتسبى الكلية في مجال الدراسات العليا و البحوث و في اطار تنفيذ الخطة الاستراتيجية للكلية (قطاع الدراسات العليا و البحوث) و ان محاور الورشة تضمنت التعريف والمبادئ الأساسية التي تحكم ارتباط الليجاند بالموقع الفعّال أو موقع الارتباط في البروتين، مع توضيح العوامل المؤثرة في تكوين معقد Protein–Ligand. كما تم تناول مفهوم دوال التقييم ودورها في تقدير مدى ملاءمة وضعيات ارتباط الليجاند داخل موقع الارتباط، والمساعدة في مقارنة الوضعيات المختلفة الناتجة عن عملية الإرساء. بالإضافة الى التدريب على اساسيات عملية الإرساء الجزيئى (Molecular Docking Workflow)، والذي يتضمن المراحل الرئيسية الآتية:
اختيار وتحضير الهدف البروتيني (Protein Target Selection and Preparation).
اختيار وتحضير الليجاند (Ligand Selection and Preparation).
تحديد موقع الارتباط وإنشاء شبكة البحث (Binding Site Identification and Grid Generation).
إجراء محاكاة الإرساء الجزيئي (Docking Simulation).
تحليل نتائج الإرساء وتقييم وضعيات الارتباط (Docking Pose Analysis).
تحليل وتصوير تفاعلات البروتين–ليجاند (Protein–Ligand Interaction Analysis and Visualization).
كذلك قام د/ على عبده محمود – بتوضيح الفرق بين الإرساء الجامد (Rigid Docking) والإرساء المرن (Flexible Docking)، مع توضيح تأثير مرونة الليجاند والبروتين في عملية التعرف الجزيئي. وتم كذلك استعراض النماذج الأساسية المستخدمة لوصف عملية الارتباط الجزيئي، ومن أبرزها نموذجا Lock-and-Key وInduced-Fit.
كما تم تدريب المشاركين فى ورشة العمل على مجموعة من الأدوات والبرامج المستخدمة في دراسات الإرساء الجزيئي، ومن بينها AutoDock وArgusLab، مع توضيح الوظائف الأساسية لهذه البرامج ودورها في إعداد الجزيئات وإجراء عمليات الإرساء وتحليل النتائج و التعريف بصيغ الملفات الشائعة المستخدمة في هذا المجال، مع توضيح طبيعة البيانات التي تتضمنها هذه الملفات وأهميتها في مراحل إعداد البروتين والليجاند وإجراء عمليات الإرساء.
كذلك تضمنت الورشة التطورات الحديثة في مجال الذكاء الاصطناعي (AI) وتطبيقات التعلم الآلي في دراسات الإرساء الجزيئي واكتشاف الأدوية. وشملت المناقشات عددًا من التطبيقات الحديثة، مثل:
اكتشاف وتصميم الأدوية (Drug Discovery and Design).
الفحص الافتراضي (Virtual Screening).
التنبؤ بخصائص وقوة الارتباط الجزيئي.
إعادة توظيف الأدوية (Drug Repurposing).
توظيف أساليب الذكاء الاصطناعي لتحسين عمليات التنبؤ والتعرف الجزيئي.
كما تم من خلال الورشة توضيح أهم القيود والتحديات المرتبطة بالإرساء الجزيئي، ومن بينها التبسيط المستخدم في تمثيل مرونة البروتين والليجاند، ومحدودية بعض دوال التقييم في الوصف الدقيق لجميع المساهمات الطاقية في الارتباط، إضافة إلى تحديات الدقة والموثوقية والتكلفة الحسابية. كما تم التأكيد على أن نتائج الإرساء الجزيئي تُعد أداة حسابية تنبؤية ومكمّلة للدراسات التجريبية، وأن تفسير نتائجها ينبغي أن يتم في ضوء طبيعة النظام المدروس وبالاقتران مع الأدلة التجريبية المناسبة.
وقد وفرت الورشة فرصة تدريبية للتعرف على الأسس النظرية والتطبيقية للإرساء الجزيئي، بما يسهم في دعم المهارات البحثية والحاسوبية لدى أعضاء هيئة التدريس و الهيئة المعاونة وطلاب الدراسات العليا في مجال الكيمياء الحاسوبية، والكيمياء الحيوية، والمعلوماتية الحيوية، واكتشاف الأدوية.
